Chào Trang,
Trường hợp hóa đơn liên 2 đã bị mất, hai bên phải xác định do lỗi của bên nào, bên có lỗi phải lập báo cáo việc mất hóa đơn và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất không quá năm (05) ngày kể từ ngày xảy ra việc mất hóa đơn. Bên có lỗi bị phạt hành chính về Hóa đơn tùy vào việc có đầy đủ hồ sơ (hợp đồng, chứng từ) chứng minh việc mua bán và số lượng tình tiết giảm nhẹ.
Công ty bạn và khách hàng phải lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn công ty bạn khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và chỉ cần sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu công ty bạn trên bản sao hóa đơn để giao cho khách hàng. Khách hàng được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của công ty bạn kèm theo biên bản về việc mất liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế.
Trường hợp này bên khách hàng cũng không có thiệt hại về thuế VAT và TNDN.

Văn bản căn cứ: Thông tư 10/2014/TT-BTC hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn; Thông tư 176/2016/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của thông tư 10/2014/TT-BTC; Thông tư 39/2014/TT-BTC quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.
Thân ái!